Pembangunan masjid yang hingga kini masih berupa tenda ini sempat menjadi polemik dan mendapatkan penolakan warga, karena berada di lahan ruang terbuka hijau.
Masjid At-Tabayyun dibangun di areal yang seharusnya untuk ruang terbuka hijau. Terkait hal ini, Anies mengungkapkan bahwa pembangunan dilakukan dengan tertib pada prosedur ketentuan.
Kehadiran Anies Baswedan di Taman Villa Meruya, Jakarta Barat, disambut tepuk tangan sejumlah warga yang menggelar aksi tolak pembangunan Masjid At Tabayyun.