Setidaknya ada 3 tahapan yang harus dilalui KA Bandara Yogyakarta International Airport (YIA) setelah proses pengujian terhadap jalur kereta ini selesai.
Aturan syarat perjalanan memuat beberapa hal, yakni untuk mobilitas di wilayah Jawa dan Bali level Kabupaten/Kota dengan tujuan dan keberangkatan masih dalam wilayah Jawa dan Bali diatur tanpa melihat level atau sudah seragam untuk seluruh daerah.