业务表现不佳，机构投资者迅速撤离恒瑞医药。数据显示，至2020年末，该公司基金持有数量高达1465支；2021年一季度末，基金持仓家数已经腰斩至593家。
部分市场人士指出，恒瑞净利润表现不及预期，主要是研发费用大增，侵蚀了部分利润。
公开资料显示，恒瑞医药的研发投入，不管是绝对值还是占营收的比重，都是目前国内医药企业中最高之一。2018-2020年，该公司研发投入分别为26.70亿元、38.96亿元、49.89亿元，分别占当期营业收入的15.33%、16.73%、17.99%，占比不断上升。
2021年一季度，恒瑞研发投入13.16亿，同比大增62.26%，研发强度提高到19%，这个水平和国际巨头比较也不逊色。
而且不同于常规做法，恒瑞将研发支出全部费用化，资本化为零。如果按行业普遍做法将30%的研发费用进行资本化，那么2020年公司利润将增约12.7亿元。
重视研发创新能构筑起企业的核心竞争力，但恒瑞医药近半年的股价下跌说明，公司却未享受到创新药企应有的高估值。有观点认为，创新药研发日趋激烈的背景下，面对信达生物、百济神州这样的后起之秀冲击，恒瑞医药的优势已经不明显，不得不保持高研发才能维持业绩增长。
截至目前，恒瑞医药已在国内上市7款创新药，获准开展全球多中心或地区性临床研究的项目近20个。销售费用近百亿元
4月12日，财政部发布公告称，始于2019年的针对77家药企的财务检查工作完成，结果显示，多家药企存虚开发票、套取资金、虚构业务等违规操作。对其中19家医药企业做出行政处罚，恒瑞医药在列。
该公司涉及的问题包括，2018年以非本公司发生的机票等报销专家讲课费、点评费等，涉及金额108.8万元；以非本公司发生的机票及广告费等发票列支员工福利奖励支出等，涉及金额214.91万元；赠送客户礼品、学术活动餐费等涉及金额96.16万元。
上述被查出问题所涉及金额共计约420万元，财政部依法对其罚款5万元。
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