Il termina sa carrière comme chef de guerre. Une assemblée de huguenots tenue à La Rochelle en 1621 marque le début d’une nouvelle guerre de religion qui se terminera en 1626. On ne sait si Montchrestien était protestant depuis sa jeunesse ou s’il a adhéré à ce moment à la Réforme, mais il s’engage avec détermination dans la bataille. Il obtient le rang de capitaine et conduit des troupes au combat, avec enthousiasme et courage, mais sans succès.
Replié avec quelques hommes dans sa Normandie natale, il dîne un soir dans une hôtellerie de Toureilles, près de sa ville natale de Falaise. Trahis par l’hôtelier, les soldats de la cause protestante sont attaqués par des militaires catholiques menés par Claude Turgot, ancêtre du célèbre économiste du même nom. Montchrestien meurt en combattant. Il est condamné à titre posthume pour crime de lèse-majesté. Son cadavre fut traîné sur une claie et brûlé 2.