Arkeolog Sameh Ahmed Abdel Hafeez, seorang karyawan di museum, menjadi martir saat melakukan pekerjaannya selama serangan terhadap museum pada tahun 2013.
Kementerian Pariwisata dan Purbakala Mesir bekerja keras untuk menghidupkan kembali potongan-potongan itu. Peninggalan dipindahkan ke toko museum di Ashmonin, dan proses penyortiran ulang sisa-sisa pecahan tembikar dan monumen batu, marmer, kayu, plester dan lainnya.
Setelah 3 tahun, tepatnya pada 22 September 2016, museum dibuka kembali. Itu dianggap sebagai kemenangan negara Mesir atas kekacauan dan terorisme.
Proses pemugaran museum menelan biaya negara sebesar 11 juta pound Mesir, yang didistribusikan di antara provinsi Al-Minya. Dan tersebut tersedia sebanyak 7,15 juta pound Mesir dari dana gubernur di samping hibah Italia senilai 4 juta pound Mesir dalam bentuk kotak pamer untuk museum dalam kerangka proyek pertukaran utang