Semasa anak-anak, KH Abbas Bunter belajar mengaji pertama-tama dari sang ayah dan KH Kriyan Buntet. Masa remajanya tercurah untuk menimba ilmu dari pesantren ke pesantren.
Di antara guru-gurunya saat itu adalah KH Nasuha Sukansari (Plered), KH Hasan Jatisari (Weru), dan KH Ubaidah (Tegal). Dia juga pernah belajar di Pesantren Tebuireng (Jombang) di bawah bimbingan KH Hasyim Asyari. Sembari menjadi santri, dia menikah dengan seorang perempuan.
Sebagaimana generasi ulama besar nusantara abad ke-19, dia menggunakan kesempatan beribadah haji sebagai momentum bermukim di Tanah Suci demi menimba ilmu. Teman-teman seangkatannya dari Indonesia adalah KH Baqir (Yogyakarta), KH Abdillah, dan KH Wahab Hasbullah (Surabaya). Di Masjid al-Haram, dia berguru pada antara lain Syekh Ahmad Khatib al-Minangkabawi, Syekh Ahmad Zubaidi, dan Syekh Mahfudh at-Termasi.