Early Release - Viral Metagenomic Analysis of Cerebrospinal Fluid from Patients with Acute Central Nervous System Infections of Unknown Origin, Vietnam - Volume 27, Number 1—January 2021 - Emerging Infectious Diseases journal

Abstract
Central nervous system (CNS) infection is a serious neurologic condition, although the etiology remains unknown in >50% of patients. We used metagenomic next-generation sequencing to detect viruses in 204 cerebrospinal fluid (CSF) samples from patients with acute CNS infection who were enrolled from Vietnam hospitals during 2012–2016. We detected 8 viral species in 107/204 (52.4%) of CSF samples. After virus-specific PCR confirmation, the detection rate was lowered to 30/204 (14.7%). Enteroviruses were the most common viruses detected (n = 23), followed by hepatitis B virus (3), HIV (2), molluscum contagiosum virus (1), and gemycircularvirus (1). Analysis of enterovirus sequences revealed the predominance of echovirus 30 (9). Phylogenetically, the echovirus 30 strains belonged to genogroup V and VIIb. Our results expanded knowledge about the clinical burden of enterovirus in Vietnam and underscore the challenges of identifying a plausible viral pathogen in CSF of patients with CNS infections.

Related Keywords

United States ,United Kingdom ,Khanh Hoa ,An Giang ,Vietnam ,Republic Of ,China ,Hinxton ,Cambridgeshire ,California ,Russia ,Hong Tien ,Tuyêquang ,Sri Lanka ,Amsterdam ,Noord Holland ,Netherlands ,Duong An ,Tinh Binh Dinh ,Huynh Kim ,Dak Lak ,Ðcl K ,Van Chuong ,Han I ,Nguyen Binh ,Caob Ng ,Dong Thap ,Yêbavm ,Royal Society ,Arkhangel Skaya Oblast ,Edinburgh ,City Of ,Scotland ,Maiaa Rabaa ,Dieu Ngan ,B Oude Munnink ,Matthew Cotten ,Ngoc Diep ,Thuy Minh ,Thanh ,Nguyen Khac Chuyen ,Juan Carrique ,Nguyen Van Thanh ,Tran Tinh Hien ,Hoang Nhu ,Martin Deijs ,Kim Hong ,Nguyen Van Kinh ,Nguyen Van Vinh Chau ,Pham Hong Anh ,Le Ngoc ,Seyed Mohammad Jazaeri Farsani ,Ngo Thanh Bao ,Paul Kellam ,Carlijn Bogaardt ,Dang Thao Huong ,Juliete Bryant ,Nguyen Van Thang ,Behzad Nadjm ,Al Ivens ,Tran Hoang Minh Chau ,Le Thanh Phuong ,Margo Chase ,Tran Thua Nguyen ,Stephen Baker ,Maciejf Boni ,Motiur Rahman ,Nguyen Van Minh Hoang ,Karen Saylors ,Maartenf Jebbink ,Mark Woolhouse ,H Rogier Van Doorn ,Minh Khoa ,Thanh Tam ,Nathan Wolfe ,Chi Cuong ,Flu ,Nguyen Dac Thuan ,Heiman Wertheim ,Andrew Rambaut ,Pham Van Minh ,Nguyen Ngoc Vinh ,Trinh Quang Tri ,Quoc Cuong ,Nguyen Canh Tu ,Nguyen Dong ,Dang Trung Nghia ,Jamesi Campbell ,Corinne Thompson ,Bach Tuan Kiet ,Nguyen Thanh Minh ,Dnase Ambion ,Hoang Van Duong ,Nguyen Van Xang ,Nhut Tai ,Kim Chuc ,Nguyen Van Cuong ,Peter Simmonds ,Nguyen Van Hung ,Jeremyj Farrar ,Academic Medical Center ,Department Of Medical Microbiology ,Blood Systems Research Institute ,Laboratory Of Experimental Virology ,Centre For Immunity ,Blood Institute ,National Heart ,University Of Amsterdam ,Oxford Tropical Ethics Committee ,Life Technology ,World Health Organization ,Vietnam Initiative On Zoonotic Infections ,Wellcome Trust Sanger Institute ,Oxford University Clinical Research Unit ,Wellcome Trust Of Great Britain ,West Nile ,Southeast Asia ,Vietnam Initiative ,Zoonotic Infections ,Appendix Table ,Oxford Tropical Ethics ,Open University ,Milton Keynes ,Wellcome Trust ,Great Britain ,Alessandra Berto ,Bui Duc Phu ,Juan Carrique Mas ,Dang Manh Hung ,Dang Tram Oanh ,Dinh Van Tan ,Duong An Han ,Hau Thi Thu Trang ,Hoang Bao Long ,Huynh Thi Kim Thu ,Lam Chi Cuong ,Mai Thi Phuoc Loan ,Ngo Thi Hoa ,Ngo Tri Tue ,Nguyen Quoc Hung ,Nguyen Thanh Dung ,Nguyen Thi Binh ,Nguyen Thi Hong Tham ,Nguyen Thi Hong Tien ,Nguyen Thi Kim Chuc ,Nguyen Thi Le Ngoc ,Nguyen Thi Nam Lien ,Nguyen Thi Ngoc Diep ,Nguyen Thi Nhung ,Nguyen Thi Song Chau ,Nguyen Thi Yen Chi ,Nguyen Thieu Trinh ,Nguyen Thu Van ,Pham Thi Minh Khoa ,Pham Thi Thanh Tam ,Pham Van Lao ,Phan Van Be Bay ,Guy Thwaites ,Tran Do Hoang Nhu ,Tran Khanh Toan ,Tran My Phuc ,Tran Thi Kim Hong ,Tran Thi Ngoc Dung ,Tran Thi Thanh ,Tran Thi Thuy Minh ,Voong Vinh Phat ,University Of Edinburgh ,Margo Chase Topping ,Dung Nyugen ,Experimental Virology ,Medical Microbiology ,Immunity Amsterdam ,ஒன்றுபட்டது மாநிலங்களில் ,ஒன்றுபட்டது கிஂக்டம் ,கன் ஹோவா ,ஒரு ஜியாங் ,வியட்நாம் ,குடியரசு ஆஃப் ,சீனா ,ஹிங்க்ஷ்தோன் ,கேம்பிரிட்ஜ்ஷைர் ,கலிஃபோர்னியா ,ரஷ்யா ,ஹாங் டியெந் ,ஸ்ரீ லங்கா ,ஆம்ஸ்டர்டாம் ,நூற்த் ஹாலண்ட் ,நெதர்லாந்து ,துஓங்க் ஒரு ,டின் பின் டின் ,ஹூய்னி கிம் ,டாக் லக் ,வேன் சுொங்க் ,ஹான் நான் ,ஂக்யந் பின் ,டாங் தப் ,அரச சமூகம் ,எடின்பர்க் ,நகரம் ஆஃப் ,ஸ்காட்லாந்து ,ட்யூ ண்கன் ,மேத்யூ கோட்டேன் ,ந்காக் டைப் ,த்ுய் மிந் ,த்யாந் ,ஂக்யந் வேன் த்யாந் ,டிரான் டின் ீேன் ,ஹோங் ந்து ,கிம் ஹாங் ,ஂக்யந் வேன் கீன் ,ஂக்யந் வேன் வின் ச U ,ஃப்யாம் ஹாங் அந்த் ,லெ ந்காக் ,ங்கோ த்யாந் பாவோ ,பால் கெல்லாம் ,டங் தாவோ ஹுவாங் ,ஂக்யந் வேன் தங் ,அல் ஈவென்ஸ் ,டிரான் ஹோங் மிந் ச U ,லெ த்யாந் புோங்க் ,மார்கோ துரத்து ,டிரான் த்ுா ஂக்யந் ,ஸ்டீபன் ரொட்டி சுடுபவர் ,மோடிூர் ரஹ்மான் ,ஂக்யந் வேன் மிந் ஹோங் ,கரேன் சாய்லோர்ச் ,மிந் கோ ,த்யாந் டாம் ,நாதன் ஓநாய் ,சி கிுஓங் ,லு ,ஂக்யந் டச் துஅன் ,ஹெய்மன் வர்ட்‌ஹைம் ,ஃப்யாம் வேன் மிந் ,ஂக்யந் ந்காக் வின் ,ட்ரிந் குவாங் திரி ,க்வாக் கிுஓங் ,ஂக்யந் கேன் து ,ஂக்யந் டாங் ,டங் ட்ரங் ங்கிய ,கோரிண்ணே தாம்சன் ,பாக் ட்யூவாந் கெட் ,ஂக்யந் த்யாந் மிந் ,ஹோங் வேன் துஓங்க் ,ஂக்யந் வேன் க்ஷங் ,ன்துட் தை ,கிம் சக் ,ஂக்யந் வேன் கிுஓங் ,பீட்டர் சிம்மண்ட்ஸ் ,ஂக்யந் வேன் தொங்கவிடப்பட்டது ,துறை ஆஃப் மருத்துவ நுண்ணுயிரியல் ,இரத்தம் அமைப்புகள் ஆராய்ச்சி நிறுவனம் ,ஆய்வகம் ஆஃப் சோதனை வைராலஜி ,மையம் க்கு நோய் எதிர்ப்பு சக்தி ,இரத்தம் நிறுவனம் ,தேசிய இதயம் ,பல்கலைக்கழகம் ஆஃப் ஆம்ஸ்டர்டாம் ,ஆக்ஸ்ஃபர்ட் வெப்பமண்டல நெறிமுறைகள் குழு ,வாழ்க்கை தொழில்நுட்பம் ,உலகம் ஆரோக்கியம் ஆர்கநைஸேஶந் ,வெல்கம் நம்பிக்கை சாங்கர் நிறுவனம் ,ஆக்ஸ்ஃபர்ட் பல்கலைக்கழகம் மருத்துவ ஆராய்ச்சி அலகு ,வெல்கம் நம்பிக்கை ஆஃப் நன்று பிரிட்டன் ,மேற்கு நைல் ,தென்கிழக்கு ஆசியா ,வியட்நாம் முயற்சி ,பின் இணைப்பு மேசை ,ஆக்ஸ்ஃபர்ட் வெப்பமண்டல நெறிமுறைகள் ,திறந்த பல்கலைக்கழகம் ,மில்டன் கீன்கள் ,வெல்கம் நம்பிக்கை ,நன்று பிரிட்டன் ,Alessandra பெர்டோ ,பூசி டக் ஃபூ ,டங் டிராம் ஓஆந் ,டின் வேன் பழுப்பு ,துஓங்க் ஒரு ஹான் ,ஹா தி து திரங் ,ஹோங் பாவோ நீண்டது ,ஹூய்னி தி கிம் து ,லாம் சி கிுஓங் ,மை தி புோக் கடன் ,ங்கோ தி ஹோவா ,ஂக்யந் க்வாக் தொங்கவிடப்பட்டது ,ஂக்யந் த்யாந் சாணம் ,ஂக்யந் தி பின் ,ஂக்யந் தி ஹாங் தாம் ,ஂக்யந் தி ஹாங் டியெந் ,ஂக்யந் தி கிம் சக் ,ஂக்யந் தி லெ ந்காக் ,ஂக்யந் தி நாம் உரிமை ,ஂக்யந் தி ந்காக் டைப் ,ஂக்யந் தி ண்ுங் ,ஂக்யந் தி பாடல் ச U ,ஂக்யந் தி யென் சி ,ஂக்யந் து வேன் ,ஃப்யாம் தி மிந் கோ ,ஃப்யாம் தி த்யாந் டாம் ,ஃப்யாம் வேன் லாவோ ,ஃப்யாந் வேன் இரு வளைகுடா ,டிரான் செய் ஹோங் ந்து ,டிரான் கன் டோஅன் ,டிரான் என் புக் ,டிரான் தி கிம் ஹாங் ,டிரான் தி ந்காக் சாணம் ,டிரான் தி த்யாந் ,டிரான் தி த்ுய் மிந் ,பல்கலைக்கழகம் ஆஃப் எடின்பர்க் ,மார்கோ துரத்து முதலிடம் ,சோதனை வைராலஜி ,மருத்துவ நுண்ணுயிரியல் ,நோய் எதிர்ப்பு சக்தி ஆம்ஸ்டர்டாம் ,