Thông tư nêu rõ nguyên tắc quản lý Chương trình thực hiện theo quy định của Luật Khoa học và công nghệ, Luật Sở hữu trí tuệ và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan. Việc quản lý Chương trình phải bảo đảm công khai, minh bạch. Các nhiệm vụ thuộc Chương trình được triển khai theo đúng mục tiêu, nội dung và không xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ của chủ thể quyền khác.