Penataan Pura Agung Besakih sendiri dilakukan Kementerian PUPR melalui Ditjen Cipta Karya dengan mekanisme rancang dan bangun meliputi Area Manik Mas berupa gedung parkir setinggi 4 lantai seluas 55.201 meter persegi berkapasitas 66 unit bus, 1.369 unit mobil, 18 unit kios besar, dan 12 unit kios kecil.
Kepala Bappenas Suharso Monoarfa mengatakan bahwa pihaknya sudah menyelesaikan tahap awal pemindahan IKN, yakni perencanaan program dan pembebasan lahan.